Open Science Awardについて

オープンサイエンスアワードは,日本国内の生命医学分野における「オープンな」成果物をコミュニティの投票によって表彰することで,論文などの業績として評価されづらい活動をサポートすることを目的としています。アワードにおける推薦と投票は,営利組織/非営利組織,学生/研究者などの身分を問わず,オープンなサイエンスを盛り上げることに関心のある方であれば,誰でも参加することができます。


2015 Nomination

Open Science Award 2015 でコミュニティのみなさんにノミネートして頂いたプロダクトを掲載します。投票の結果についてはこちらをご覧ください。


Database部門


AOE (All Of gene Expression)

公共遺伝子発現データベースの目次

developed by: 坊農秀雅さん@DBCLS,他

BRC細胞リソース表現型メタデータ

理研バイオリソースセンター 細胞材料開発室が保有する細胞株のメタデータを公開するDB

developed by: 理研BRCマウス表現型知識化研究開発ユニット

BRCマウスリソース表現型メタデータ

理研バイオリソースセンター 実験動物開発室が保有するマウス系統のメタデータを公開するDB

developed by: 理研BRCマウス表現型知識化研究開発ユニット


ChIP-Atlas

公開されたChIP-Seqデータの再解析結果を配布するDB

developed by: 沖真弥さん@九大

DNApod

統合DNA多型データベースとその解析ワークフロー

developed by: 望月孝子さん@遺伝研

Integrative Japanese Genome Variation Database

日本人1070人を対象にした全ゲノムのすべてのSNVアリル頻度情報

developed by: 東北メディカル・メガバンク


JCM微生物リソースメタデータ

理研バイオリソースセンター 微生物材料開発室(JCM)が保有する微生物株のメタDB

developed by: 理研BRCマウス表現型知識化研究開発ユニット

NBRPメダカ表現型メタデータ

NBRPメダカデータベース(https://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/)の表現型データのメタデータです。

developed by: 理研BRCマウス表現型知識化研究開発ユニット

RDF Portal for NBDC

RDF化された国内のデータベースをブラウズできるポータルサイト。

developed by: 川島秀一さん@DBCLS,他


RefEx

ヒトおよびマウス、ラットにおける遺伝子発現データのリファレンスデータセット

developed by: 小野浩雅さん@DBCLS,他

理研メタデータベース

研究所括りでオープンデータを発信する試みです。RDFを用いて、世界連携と、所内連携を同時に促進しようとしています。

developed by: 理研 情報基盤センター


Software部門


Bayes Linux

配列解析や統計解析などのバイオインフォマティクスツールを含んだ、再現性のあるデータ解析環境を提供するプロジェクト。

developed by: 二階堂愛さん@理研,他

CRISPRdirect

CRISPR/Cas9実験のためのガイドRNAを設計するウェブツール。

developed by: 内藤雄樹さん@DBCLS,他

Centroidfold

RNA二次構造予測

developed by: 佐藤健吾さん@慶應


Cnocglas MolBrowser

バイオデータベースを使った解析で化合物IDをたくさん含む結果があったら、コピー&ペーストで簡単に網羅的に眺めることが出来ます。

developed by: 小寺正明さん@東工大

FuncTree

メタゲノムデータを、KEGG BRITEの階層マップとして可視化するウェブツール

developed by: Takeru Uchiyamaさん@東工大,他

Gendoo

遺伝子や疾患をMeSHでプロファイリング

developed by: 仲里猛留さん@DBCLS


GhostX

BLASTの100倍速い塩基配列相同性検索ツール。

developed by: 鈴木脩司さん@東工大

MEGADOCK

2つのタンパク質の構造情報をもとに複合体の構造を推定するツール。

developed by: 大上雅史さん@東工大

UMATracker

動画データから動物の行動を自動でトラッキングしてくれるツールです

developed by: 竹内理人さん@東工大,山中治さん@広島大


meshr

遺伝子の機能をMeSHでプロファイリング をRで

developed by: 露崎弘毅さん@理研,他

mudi - mutation discovery

酵母などの生物のリシーケンスデータから変異検出をするウェブツール

developed by: 飯田直子さん@NIG

smbt

大規模フィンガープリント類似検索のための簡潔マルチビット木の実装

developed by: 田部井靖生さん@東工大


クリックちゃん

IBMのワトソンに対抗して生み出された生命科学に関する質問をすると答えてくれるすごいQAシステム。キャラクターが可愛い。

developed by: 荒川和晴さん@慶應,他


Web部門


CloudBioLinuxを用いてローカルサーバにNGS解析環境を構築する

Amazon EC2などにゲノム解析環境を構築するCloudBioLinuxをローカル環境に構築するための手順。

developed by: @joemphilipsさん

NGSは難しい (仮)

NGSデータ解析頻出単語集をわかりやすく説明したパブリックドメインスライド。

developed by: 今井淳之介さん@慶應,荒川和晴さん@慶應

NGSデータ解析頻出単語集

NGSデータ解析に必須な知識のオンライン・ブレストのまとめ。

developed by: 二階堂愛さん@理研 (編)


Rで塩基配列解析/Rでマイクロアレイデータ解析

R言語でのトランスクリプトーム解析の方法がまとめられている。サンプルコードが豊富。

developed by: 門田幸二さん@東大

biopapyrus

生物統計学とバイオインフォマティクスに関する基本事項をまとめたウェブサイト。

developed by: 孫建強さん@東大


平成27年度NGSハンズオン講習会 - ChIP-Seq解析基礎

ChIP-Seq データ解析のハンズオン資料。遊び心が随所に見える最高の資料です。

developed by: 森岡勝樹さん@理研

パックマンの挑戦

Pac Bio RSシーケンサのニュースや技術的な情報を提供している。

developed by: 大崎研さん@トミーデジタルバイオロジー

生命科学研究を考えるガチ議論@第36回日本分子生物学会

分子生物学会で行われたガチ議論のログ。

developed by: @aohmusiさん(まとめ主)


バイオインフォで実験ノートを取ろう

バイオインフォマティクス研究でも実験ノートをとるべき、ということを説得してくれるスライド。

developed by: 笠原雅弘さん@東大

「やーいお前の父ちゃんバイオインフォー!」

アカデミックにおけるバイオインフォマティクスの人材や分野の発展についてのtwitter上での議論。

developed by: @fiddler_Kさん (まとめ主)

なぜバイオインフォマティクスの解析はタダではないのか

"Why Bioinformatics Analysis Is Not Free"という海外ブログ記事の日本語訳。

developed by: 大田達郎さん@DBCLS